An der Rigi wachsen etwa 890 Blütenpflanzenarten, 300 Flechten und 100 Moose. Besonders bekannt ist die Rigirolle (Trollblume). Ihr Volksname geht auf ihre starke Verbreitung im Rigigebiet zurück. Diesen Artenreichtum verdankt die Vegetation den vielfältigen geologischen (Molasse, Flysch, Kalk) und klimatischen Bedingungen. Einige Besonderheiten sind auch auf die exponierte Lage der Rigi inmitten der Zentralschweizer Seen zurückzuführen. An der Südseite herrscht mildes, warmes Klima (Riviera des Vierwaldstättersees mit Pflanzenarten der Alpensüdseite) mit geringen Temperaturschwankungen. Von Nordwinden geschützt, werden die unteren Höhenlagen durch die Reflexion des Seespiegels zusätzlich erwärmt. Der warme, trockene Föhn verlängert die Vegetationsperiode. Die höhergelegenen Gebiete sind im Herbst und Winter meist über dem Nebelmeer. Da die Rigi in der Eiszeit eisfreie Gipfel aufwies (Nunataker), hat eine reichhaltige alpine Flora überlebt mit heute über 100 Arten, obschon die obersten Rigipartien formell die subalpine Grenze nicht überschreiten (Kulm 1798 m ü. M). Im Rigigebiet sind noch 37 Orchideenarten heimisch, obwohl auch hier in den letzten Jahren die natürlichen Lebensräume der Orchideen stark dezimiert wurden. Sie gedeihen vor allem in ökologischen Nischen und an kaum zugänglichen Standorten in den Felsbändern. Im Naturschutzgebiet Chestenenweid hat man 19 z.T. seltene Orchideenarten festgestellt.

Das Rigigebiet ist eine Landschaft von nationaler Bedeutung (BLN). Zudem sind grosse Teile auf der Luzerner und Schwyzer Seite Pflanzenschutzgebiete, in denen sich Objekte von nationaler Bedeutung finden (z.B. Chestenenweid)